El avetorillo común se clasifica en el género Ixobrychus, perteneciente a la familia de las garzas, Ardeidae. A su vez, las garzas se clasifican en el orden Pelecaniformes, junto a otras cuatro familias de aves acuáticas: Pelecanidae (pelícanos), Threskiornithidae (ibis y espátulas), Balaenicipitidae(picozapato) y Scopidae (ave martillo).El avetorillo común se ubica en la subfamilia Botaurinae, con el resto de avetoros y avetorillos.
El avetorillo común fue descrito científicamente por Carlos Linneo en la duodécima edición de su obra Systema Naturae, de 1766, con el nombre científico de Ardea minuta,que significa «garza diminuta». En 1828, el naturalista sueco Gustav Johann Billberg creó el género Ixobrychus donde trasladó a los avetorillos, con el avetorillo común como su especie tipo. El nombre de su género procede de la combinación de las palabras griegas ixias (junco) y brukhomai (bramar), una etimología que alude a las llamadas similares a los mugidos que emite entre la vegetación palustre, y a lo que debe también su nombre común de «avetorillo». Por su parte minutus es un término latino que significa «breve, diminuto».
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